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多肽抗原展望

抗原决议簇在线阐发东西

择要:卵白抗原表位展望算法及抗原多肽设想准绳是构成南京德泰生物抗体定制办事的主要构成局部。
为了获得辨认自然卵白的抗体,有两种体例可以或许或许挑选。一种是操纵重组卵白的体例获得尽可
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能靠近自然前提下的重组卵白,而后安慰实验植物免疫体系,进而获得响应抗体。这类体例获得抗体的胜利率较高且效价较好;另一种是展望自然卵白的抗原决议簇,这类抗原决议簇终究表现为多肽情势,将其与响应的载体偶联后安慰实验植物免疫体系,也可以或许或许获得响应的抗体。这类体例的挑选有其特别须要。咱们德泰生物科技(南京)无限公司供给这两种范例的抗体定制办事。

甚么是抗原决议簇

卵白质外表局部可以或许或许使免疫体系发生抗体的地区叫抗原决议簇。普通抗原决议簇是由 5-8 氨基酸或碳水基团构成,它可以或许或许是由持续序列(卵白质一级布局)构成或由不持续的卵白质三维布局构成。

卵白抗原表位展望体例

今朝卵白质抗原表位展望的体例大抵可以或许或许分为两类,一类是基于卵白质高等布局展望,像beta-转角、膜卵白跨膜区展望等;一种是基于氨基酸的统计学偏向性,像亲水性(hydrophilicity)、弹性(flexibility)、外表可打仗性(surface accessibility)、抗原偏向性(antigenic propensity)。详细算法请参考相干文献,局部文献以下:

南京德泰生物多肽抗原展望算法图

  • Chou, Fasman Adv Enzymol Relat Areas Mol Biol. 1978;47:45-148.
  • Hopp, T.P. and Woods, K.R. (1981) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 3824-3828.
  • Welling, G.W., Weijer, W.J., van der Zee, R. and Welling-Wester, S. (1985) FEBS Lett. 188, 215-218.
  • Karplus PA, Schulz GE. Naturwissenschafren 1985; 72:212-3.
  • Emini EA, Hughes JV, J Virol. 1985 Sep;55(3):836-9.
  • Parker, J.M.R., Guo, D. and Hodges, R.S. (1986) Biochemistry 25, 5425-5432.
  • Schmidt, A.M. (1989) Biotect. Adv. 7, 187-213.
  • A.S. Kolaskar and Prasad C. Tongaonkar (1990) FEBS 09210
  • K. Hofmann & W. Stoffel (1993)
  • Paul Horton, Keun-Joon Park, Takeshi Obayashi & Kenta Nakai, Proceedings of the 4th Annual Asia Pacific Bioinformatics Conference, Taiwan. pp. 39-48, 2006.
  • Jens Erik Pontoppidan Larsen, Ole Lund and Morten Nielsen. Immunome Res. 2006

相干抗原表位展望东西www.pilipiligram.com/tools/epitope-prediction.html

挑选多肽抗原的体例

差别算法展望出的候选多肽序列有所差别,须要综合斟酌各类展望体例,同时连系现实利用停止终究挑选。

终究挑选的多肽序列普通在15-20个碱基。单个抗原决议簇普通包罗5-8个碱基,那末15-20个碱基的多肽普通会包罗1个或更多个抗原决议簇。绝对长一些的多肽段可以或许或许更好的坚持和自然卵白的分歧性,更轻易发生抗体。由于多肽是接纳化学体例分解出来的,咱们也要斟酌到多肽分解的难度及其杰出的可溶性。

咱们普通会挑选亲水区的多肽,其可溶性普通没太大题目,可是这些地区也会包罗疏水性的碱基(如亮氨酸、色氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、苯丙氨酸)。若是可以或许,尽可能少挑选带有这类氨基酸的多肽。谷氨酰胺由于轻易和肽链构成氢键而致使多肽不可溶,以是具备多个谷氨酸的多肽也要尽可能防止。

半胱氨酸有益于将多肽偶联到载体卵白上。以是应当保留多肽N端或C真个半胱氨酸,以便于载体卵白偶联,从而具备较好的免疫原性。同时两个或更多半胱氨酸的环境须要防止,由于它会构成多肽链之间构成二硫键,进而致使不溶和布局变更。当挑选的多肽贫乏半胱氨酸时,咱们可以或许或许在N端或C端加上半胱氨酸。

脯氨酸接纳顺式酰胺键的体例存在于多肽中,而普通多肽的酰胺键是反式的,它的存在更能使多肽与自然卵白类似。在大大都环境下,脯氨酸的存在更能构成自然布局,加强多肽的免疫原性。

若是抗体用于辨认方针卵白翻译后的润色地区(如磷酸化、糖基化位点),那末咱们的多肽就须要在两头稍作延长。从另一个方面来讲,若是抗体用于辨认翻译润色前的卵白,那末响应的位点须要去撤除。

跨膜区卵白段须要移出掉,由于跨膜区没法被抗体打仗到。

各色各样,颠末层层法则的过滤,终究咱们会保留最少3条多肽(经历证实3条多肽可以或许或许使抗体辨认自然卵白的胜利率到达93%以上)。

化学分解的多肽,在抗体出产中,其浓度也影响着免疫应对反映。纯度越高,特同性免疫应对反映越强。

南京德泰生物生物信息东西供给的抗原决议簇展望软件可以或许或许综合多种展望算法,找到最合适请求的多肽,进步了展望胜利率,削减多肽分解本钱。

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